شُيّدت كنيسة مار جرجس في بحردق سنة 1654. وكان للأب يوسف الرامي دور كبير في بناء غرف الدير إلى جانب الكنيسة. وفي حوالي سنة 1744، إنتقلت الراهبات من الدير القديم إلى تلّة "بحردق" أي المكان المُشرف. وفي سنة 1760 شيُّدت كنيسة الدير الجديد.
في منتصف القرن التاسع عشر، شيّد المطران يوسف جعجع الأبنية الشماليّة من الدير وأقام فيها كرسيّ أسقفيّته لسنوات عديدة.
بين سنة 1865 و1870، حصل المطران جعجع على إذن الكرسيّ الرسوليّ بتحويل دير بحردق إلى مقرّ لكهنة الأبرشيّة.
في أواخر القرن التاسع عشر، تحوّل الدير إلى مدرسة علمانيّة، لم تدم طويلاً.
بعد الحرب العالميّة الأولى، أُقفل الدير وأهمل.
سنة 1996، إتخذت مطرانيّة أنطلياس المارونيّة قرارًا بترميمه. وافتُتحت الأعمال في أيّار 1998. ودشّنه غبطة البطريرك مار نصرالله بطرس صفير، في 25 حزيران 2000.